Alla fine del II sec. a.C. si assiste ad una nuova sensibile rinascita della città di Praeneste, che vive una fase di grande prosperità e ricchezza, documentata principalmente dalla imponente ristrutturazione urbanistica e monumentale, che riguarda gran parte degli edifici pubblici, sia di carattere civile che sacro.
I prenestini infatti, come altri cittadini di molti centri del Lazio, approfittando delle guerre di Roma in Oriente, avviarono con queste aree del Mediterraneo delle floride e intense attività mercantili, basate sostanzialmente sul traffico degli schiavi, che si protrassero per quasi un secolo e che furono fonte di un notevole e improvviso arricchimento.
A Delo, che era il maggiore mercato di schiavi del Mediterraneo, dove secondo il geografo greco Strabone si vendevano fino a diecimila uomini al giorno, le iscrizioni testimoniano la partecipazione economica di personaggi di Praeneste alla costruzione della monumentale agorà detta degli Italici. Questa consistente disponibilità di capitali determinò la realizzazione di nuove costruzioni o la ricostruzione in forme monumentali degli edifici principali, fino a trasformare profondamente l’aspetto urbano. A queste operazioni edilizie dovettero partecipare le principali e più ricche famiglie prenestine dell’epoca, secondo quell’usanza per la quale una liberalità nei confronti della comunità, espressa pagando di tasca propria edifici di pubblica utilità, fosse una dimostrazione di ricchezza e potenza, ma anche un buon mezzo di pressione sull’opinione pubblica, di propaganda, anche politica, per quelle stesse famiglie.
Il più imponente di questi interventi edilizi è rappresentato dal complesso del santuario della Fortuna Primigenia ricostruito nelle grandiosi forme ellenistiche ancora oggi parzialmente visibili, ma coinvolse anche la città antica nel suo complesso: furono realizzati nuovi edifici monumentali e si modificarono profondamente molti di quelli esistenti.
Sappiamo dalle fonti che all’inizio del I secolo a.C., dopo la guerra sociale, la città ottenne la cittadinanza romana, trasformandosi in municipio, e che durante la guerra civile tra Mario e Silla parteggiò per il primo. Un suggestivo brano di Appiano racconta le vicende di Praeneste durante quegli anni, quando in essa trovò rifugio il figlio di Mario, Mario il Giovane, dopo la sconfitta di Sacriportum (82 a.C.). Egli, non potendo trovare scampo dopo la disfatta delle forze militari che dovevano soccorrerlo, e vedendosi chiuso nella città assediata, si suicidò. Silla si vendicò con ferocia verso la città che aveva protetto il suo nemico, massacrando tutti i maschi prenestini adulti.
Questo racconto trova una stupefacente corrispondenza nelle iscrizioni giunte fino a noi, molte delle quali raccolte al Museo, poiché i nomi delle famiglie prenestine più eminenti, che conosciamo sia dai cippi della necropoli medio repubblicana, che dalle iscrizioni pubbliche o sacre della città, non sono più attestati dopo l’82 a.C.I magistrati eletti dopo quella data portano, quasi tutti, nomi che fino ad allora non avevamo mai trovato incisi sulle iscrizioni della città, segno che essi dovevano appartenere ai componenti della colonia militare che Silla insediò a Praeneste dopo queste vicende.
Questi coloni, cui erano stati assegnati dei lotti di terreno, dovettero però vendere ben presto le loro fertili proprietà, tanto che Cicerone, pochi anni dopo, afferma che le campagne di Praeneste appartenevano a poche persone.