La zona di piazza Regina Margherita corrispondeva al foro, cuore amministrativo e religioso della città antica.
Sulle strutture di un tempio probabilmente votato a Giove Imperatore e risalente al IV sec. a.C. si trova ora la cattedrale dedicata al martire Agapito; gli scavi realizzati all’inizio del ‘900 sotto il fianco orientale della chiesa hanno messo in luce il basamento del tempio, un tratto della scalinata che vi fu addossata alla fine del II sec. a.C. e parte della pavimentazione originaria della piazza.
Proprio nel II sec. a.C. l’intero assetto della città fu modificato da un intervento urbanistico: inizialmente venne costruito il basamento in tufo che ospitava l’erario; successivamente fu realizzato il complesso della Basilica, fulcro della vita civile: qui si celebravano infatti i processi, si trattavano gli affari e si svolgeva ogni rilevante episodio della vita pubblica.
Ai lati della Basilica, due costruzioni completavano l’insieme: da un lato una grotta naturale inquadrata in strutture murarie (il c.d. Antro delle Sorti) e decorata dal Mosaico dei Pesci; sul lato opposto la c.d. Aula Absidata, che ospitava il famoso Mosaico Nilotico.
L’unico monumento rinvenuto nell’area dell’attuale piazza è una fontana monumentale in forma di esedra: si tratterebbe del manufatto che i prenestini dedicarono al concittadino Verrio Flacco, studioso e precettore dei nipoti dell’imperatore Augusto. Qui doveva essere esposto l’antico calendario della città – i c.d. Fasti Praenestini – e la decorazione doveva forse essere completata dai famosi Rilievi Grimani, visibili presso il Museo di Palestrina.