Il 10 giugno 1940 l’Italia fascista entra in guerra. Dopo circa tre anni di fallimentari campagne belliche il 10 luglio 1943 gli alleati sbarcano in Sicilia. Il 25 luglio 1943 cade il regime, l’8 settembre l’Italia firma l’armistizio e il suo territorio viene occupato dalle truppe tedesche. La risalita della penisola da parte degli eserciti alleati, seppur lenta, non subisce particolari arresti, ed è rinforzata, il 9 settembre 1943 da un ulteriore sbarco sulle coste campane, a Salerno.
L’avanzata subisce un lungo arresto quando gli eserciti alleati si trovano di fronte le imponenti difese tedesche: la Linea Gustav, che taglia l’Italia in due e ha in Cassino uno dei suoi baluardi.
È proprio in questo periodo che Palestrina assume un ruolo di primo piano nella campagna di liberazione alleata. La città viene immediatamente occupata dalle truppe naziste e, a causa della sua particolare posizione, diviene il crocevia di truppe e rifornimenti per il fronte cassinate prima e, a partire dal gennaio 1944, anche per il secondo fronte creatosi con lo sbarco alleato di Anzio.
Con un’importanza strategica elevata, Palestrina già dal novembre 1943 comincia a subire i primi bombardamenti alleati. Se all’inizio i raid aerei anglo-americani erano diretti a convogli o a centri strategici in periferia, con l’inizio dell’operazione Shingle (lo sbarco di Anzio-Nettuno) il 22 gennaio 1944 anche l’abitato subisce intensi bombardamenti che iniziano a fare numerosi morti tra i civili.
Nel periodo che va dal gennaio 1944 al giugno dello stesso anno la ciità continua ad essere bersaglio delle bombe alleate. Ed è poco dopo l’avvio dell’operazione Strangle, (operazione alleata che si pose come obiettivo quello di tagliare le vie di comunicazioni, attraverso le quali, dal nord Italia, l’esercito tedesco si riforniva) nella primavera del 1944, che Palestrina subisce il più devastante bombardamento. Il 1 giugno 1944 numerose fortezze volanti bombardano il centro abitato del paese che, dopo il loro passaggio, risulta distrutto per la sua quasi totalità.
La cittadina ormai ridotta un cumulo di macerie, sotto le quali viene rinvenuto il tempio della Dea Fortuna, viene liberata la mattina del 4 giugno 1944 da truppe del Corpo di Spedizione Francese in Italia, mentre il grosso dell’esercito alleato aveva deviato da Valmontone per dirigersi sulla Capitale.